重要病害虫
・乾腐病 病原菌：''Fusarium oxysporum'' f. sp. ''cepae''
・軟腐病 病原菌：''Erwinia carotovora'' subsp. ''carotovora''
・ボトリティス菌による葉枯れ（白斑葉枯病）：''Botrytis squamosa''、''B. cinerea''、ほか
・ボトリティス貯蔵腐敗：''Botrytis allii''、''B. byssoidea''、ほか
・ネギアザミウマ ''Thrips tabaci''
・タマネギ 産地直送野菜 宅配通販 無農薬バエ ''Delia antiqua''
・タネバエ ''Delia platura''
秋まき栽培
・主な産地は西日本で、栽培は以下のように行われる。
・9月に播種し、育苗する。
・10月下旬から11月にかけて畑に定植。極早生から早生にかけては、マルチ栽培やトンネル被覆を行うところもある。
・倒伏は3月から5月にかけて。極早生は、倒伏後まだ青いうちに収穫する。
・中生・晩生になると、葉をつけたまま専用の小屋で吊し貯蔵する。
栽培体系
大きく分けて春まき栽培と秋まき栽培がある。